从20世纪80年代开始，私营医疗机构在医疗行业中出现，随着医疗机构改革的深化，医疗机构的产权制度和经营机制也发生了深刻的变化，医疗机构的经营方式也日趋多元化，许多地区出现了私人投资兴办、联营或中外合资的医院。截至2005年，中国有医疗机构29万家，包括医院18703家；其中私营医疗机构14.6万家，占医疗机构总数的50.4%，私营医院2027家，占医院总数的10.8%。私营医疗机构已成为中国卫生资源的重要组成部分。众多投资者将医疗机构作为赚钱的企业经营，医疗机构成为投资回报率很高的领域为投资者所青睐。《卫生事业发展“十一五”规划纲要》明确了推动制度创新，大力发展医疗卫生事业的方针。政府将鼓励社会力量办医，动员私营部门参与竞争，将着力构建多元化投资办医新格局。由此而来，如何规范医疗机构的税收管理，具有重大的现实意义。

    一、 医疗机构税收管理的现状

    国家税务总局明确规定2002年起新办企业其企业所得税由国税系统征收，而增值税作为国税系统管理的主税种历来由国税系统征收。医疗机构作为纳税人，应当在国税系统办理税务登记，主动申报纳税。而实际上在国税系统办理税务登记的医疗机构却很少。究其原因一是医疗机构对税法知识缺乏了解。二是在实际税收征管中，医疗机构征税分为营利性和非营利性，而医疗机构的性质（营利性和非营利性）由接受其登记注册的卫生行政部门核定，由于非营利性医疗机构享受税收优惠，税务机关根据卫生行政主管部门核定的性质进行管理。事实上很多非营利性医疗机构挂靠非营利性之虚名行营利性医疗机构之实，造成税款大量流失。

    （一）医疗机构的税收政策对非营利性医疗机构给予税收优惠

    根据财政部和国家税务总局《关于医疗卫生机构税收政策的通知》（财税（2000）42号以下简称《通知》）规定：
非营利性医疗机构的税收政策

    对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策。

    对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。

    对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。

    非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。

    营利性医疗机构的税收政策

    对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠:对其取得的医疗服务收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。3年免税期满后恢复征税。

    对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。

    疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构的税收政策

    对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家规定的价格取得的卫生服务收入(含疫苗接种和调拨、销售收入)，免征各项税收。不按照国家规定的价格取得的卫生服务收入不得享受这项政策。对疾病控制机构和妇幼保健等卫生机构取得的其他经营收入如直接用于改善本卫生机构卫生服务条件的，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。

    (二)目前，就国税系统而言对医疗机构征税以增值税为主，企业所得税的管理成为弱项

    在实际工作中，各基层税务分局医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，已完全实现了税收管理。而对医疗机构自产自用的制剂缺乏管理。在企业所得税管理中，因绝大多数新办非营利性医疗机构未在国税系统办理税务登记，无法实现日常管理。即便办理了税务登记由于各基层税务分局与卫生行政主管部门沟通少，对国家规定医疗服务价格、卫生服务价格了解少，企业所得税管理也存在一定的困难。

    (三)非营利性医疗机构行营利性医疗机构之实，造成税款大量流失

    根据《通知》文件规定：医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”和“营利性医疗机构”。

    医疗机构征税分为营利性和非营利性，医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”和“营利性医疗机构”。由于税务机关不参与营利性和非营利性的核定，而只能根据卫生行政主管部门核定的结果根据《通知》规定确定是否征税――这给税收征管工作带来了困难。

    二、 困境与对策

    （一）医疗机构征管工作存在的问题

    1.“营利性”与“非营利性”的身份核定问题

    《城镇医疗机构分类登记暂行条例》第六条规定对营利性医疗机构进行了定义：营利性医疗机构服务所得的收益，可用于投资者经济回报的医疗机构。它根据市场需求自主确定医疗服务项目并报医疗卫生行政部门批准，参照执行企业财务、会计制度和有关政策，它依法自主经营，医疗服务价格放开，实行市场调节价，根据实际服务成本和市场需求情况，自主制订价格。非营利性医疗机构指为公共利益服务而设立和运营的医疗机构，不以营利为目的，收入用于弥补医疗服务成本，实际经营中的结余只能用于自身的发展，改善医疗条件，引进先进技术，开展新的医疗服务项目。

    2000年初，国家对医疗机构统一实施分类管理，将之划分为非营利性医疗机构和营利性医疗机构，并对这两种医疗机构分别制定了不同的税收政策。由于非营利性医疗机构享受较多的税收优惠，致使许多营利性医疗机构想方设法向“非营利性”挂靠。

    按照现行定性标准，一些医疗机构的性质很难准确界定。例如某医疗机构，按其注册资金来源看，符合营利性标准，但其财务核算和管理模式无法按照财政部、卫生部规定的非营利性标准进行，卫生行政部门也就无法认定其为非营利性医疗机构，但若认定其为营利性理由又不充分，形成了两难的局面。

    这都在一定程度上增大了税务机关征管工作的难度。

    2.税收政策个别规定尚不够具体和明确

    《通知》对医疗机构征免税事宜作了相关规定。但是在实际工作中我们发现，《通知》中的某些规定尚不够具体和明确，不便于实际操作。

    《通知》规定，对非营利性医疗机构不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受税收优惠政策。但是，对这部分医疗服务收入应如何征税，是仅就其超标部分的差额还是全额收入来征税，《通知》没有明确规定。

    《通知》中提及营利性医疗机构取得的收入和非营利性医疗机构取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗条件的部分，可享受税收优惠。但是，何为“改善医疗卫生条件”，《通知》未作具体阐述，给实际操作带来一定的困惑。

    3.部分医疗机构财务管理较为混乱、财务制度有待完善

    许多医疗机构的财务制度没有严格按照财政部、卫生部的规定执行，部分医疗机构不甚缜密的财务核算，也给税收征管造成一定的障碍。例如，有的医疗单位取得的房屋租赁收入、财产转让收入、对外投资收入等长期挂往来帐，没有单独核算；对取得的非医疗收入不开具正式发票，而是以《行政事业单位结算凭证》或其他收据入帐或者干脆不记帐，导致税务机关不能从源头上对税款流失进行有效监控。另外，医疗机构购进药材以白条、收据入帐现象较为严重，给税务部门核算营利性医疗单位的成本、费用及应税所得带来困难。

    4.传统观念根深蒂固，纳税意识相对淡薄 

    长期以来，政府对卫生事业一直按计划经济的思路和社会福利范畴进行定位，传统观念认为，医疗机构不属于市场主体范畴，也就不视为纳税主体，加之医疗改革刚刚起步，税务机关很难实施积极的税务管理，从而导致医疗机构处于税收征管的“边缘地带”，造成医疗从业人员纳税意识相对淡薄和税收知识严重缺乏，突出表现为不缴、少缴应缴税款。

    （二）加强税收征管工作刻不容缓

    1.加强部门协作，密切沟通，对推行医疗机构联合管理的模式

    税务部门应会同工商部门、卫生行政管理部门共同参与对非营利性和营利性医疗机构的分类核定工作。对现有非营利医疗机构进行调查，依据《城镇医疗机构分类登记暂行条例》对营利性医疗机构的定义，对不符合非营利医疗机构条件的，提请卫生行政主管部门重新核定。

    应主动加强与工商、物价、药监和卫生主管部门的联系，定期交流有关信息，掌握辖区内营利性和非营利性医疗机构的设立状况和分布情况。财政部门应严格督促非营利性医疗机构执行财政部、卫生部颁布的《医院财务制度》、《医院会计制度》营利性医疗机构参照执行企业财务、会计制度，同时对行政性收据要严格管理。

    对非营利性和营利性医疗机构财务核算的管理，税务部门要积极启动事后监督机制。医疗机构所执行的会计制度、财务制度、医疗服务价格必须报税务机关备案，上述内容如有变动，应及时报送税务机关。对于非营利性医院，要严格管理其经营活动及其收支结余的用途。

    2.加强税务登记管理，减免税管理

    各基层税务分局应会同工商部门、卫生行政管理部门对辖区内现有医疗机构应进行调查，对发生增值税或企业所得税纳税义务的医疗机构责令办理税务登记。对符合税法规定的减免税实现有效管理，对不符合规定的及时恢复征税。

    3.加强纳税评估和税务稽查

    建立较为细致的医疗机构税收负担的评估模式，积极开展纳税评估。各基层税务分局针对有关主管部门每年对医疗单位收费价格执行情况的例行检查，应在此期间安排骨干人员联合其他部门，进行税务稽查，从而有效防止税款流失。

    4.加强税法宣传

    医疗机构的税收征管是税收工作的盲点、难点。从业人员的纳税意识参差不齐，要改善这种局面，税务部门应进行全方位、多层次的税收政策宣传，集中进行税收法规培训，推行建帐建制，鼓励主动申报，提高从业人员的纳税意识和税收核算水平。

    近几年来，政府卫生资金投入最多、增长最快，中国医疗卫生事业进入了快速发展轨道。2005年，中国政府预算卫生支出占卫生总费用的比例约为百分之十八，医疗机构进入了快速发展的时期。税务机关应同全社会要关心和支持卫生事业发展，严格执法，公平税负，积极促进医疗卫生事业与经济社会建设协调发展，为共建和谐社会贡献自己的力量。